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無論是從市場層面還是從政策層面，第三方醫學檢驗實驗室的發展前景都非常好，而且不是小好是大好，那么它有哪些優勢和劣勢呢？
1.多樣化的檢驗項目
很多醫院的檢驗科特別是小醫院檢驗科限于自身規模，病人數量不多，很多項目由于檢測需求小無法開展。第三方醫學實驗室則不存在這樣問題，當形成一定規模后，第三方實驗室由于標本來源廣泛，可以建立覆蓋從常規檢驗項目到高端檢驗項目（基因、分子診斷等）的多樣化檢測項目。
2.成本優勢
由于第三方檢驗實驗室的規模化經營，可以直接從檢驗儀器和試劑制造商處以比較有競爭力的價格拿貨，免除中間代理商環節，更不需要檢驗儀器和試劑進入醫院需要付的“你懂的”那些代價，因此第三方檢驗具有很大的成本優勢。同時，依靠規范化的人力資源管理，可以最大程度降低人力資源成本，與醫院粗放型的人力資源管理相比，也具有無可比擬的優勢（一句話就是不養吃閑飯的，這么簡單的事，相信很多醫院做不到）。
3.規范化的管理
很多第三方檢驗實驗室都通過了ISO15189認證，部分實驗室還通過CAP認證，在規范化管理方面具有優勢。
二、第三方醫學檢驗實驗室的劣勢
1.人才瓶頸制約
第三方檢驗沒有國家承認的職稱體系，很多優秀的年輕檢驗人員會擔心職稱受到影響，一般不會選擇第三方檢驗。而且第三方檢驗沒有自己的人才培養基地，主要靠從公立醫院聘請退休人員以及招聘一些低級別檢驗人員，很難建立起自己的年齡層次合理的人才梯隊。不過值得欣喜的是，部分第三方檢驗實驗室已經注意到了這一點，在公司內部實行有別于職稱的晉級制度以及人才培養制度。
2.醫保制度的限制
國內的醫保結算主要還是面向醫院，由于現在國內特別是城市中的醫保覆蓋度非常廣，如果缺乏醫保的支持，對于第三方檢驗實驗室的發展是非常不利的。希望不久的將來，能將第三方醫學檢測機構納入我國醫保體系中，對于第三方醫學檢測服務操作和推廣將具有重要意義。
3.檢驗項目及價格的限制
目前國內新的檢驗項目必須由醫院向衛計委提交備案才能確認，而且檢驗項目的價格也必須由醫院提交，由國家發改委及衛計委審批，省級發改委備案后才能實行，也就是說第三方檢驗實驗室在新項目及項目定價方面完全沒有發言權。
4.檢驗項目還不夠全面
目前國內最大的第三方檢驗開展的項目也就2000項左右，與發達國家第三方檢驗4000多項的檢驗項目還有差距。
5.質量與成本的困惑
很多在第三方工作過的人員都會提到一些公司為了節約成本采取一些犧牲檢測質量的行為，例如利用國產試劑冒充進口試劑，ELISA方法按照發光法收費、不嚴格執行室內質控等。個人認為在第三方發展初期，市場魚龍混雜，一些不規范的公司會有一定的生存空間，但要想做長做大，質量是第一位，不規范的公司和行為早晚會被淘汰，只有視質量為生命的公司才能走的更遠。
三、第三方醫學檢驗實驗室應該注重的問題
1.質量就是生命
質量管理應該是第三方實驗室的第一要務，很多醫院檢驗科的人提起第三方實驗室，首先都會問他們靠不靠譜，結果可不可信？而結果的可靠性要靠質量管理來保證，質量就代表著第三方檢驗的信譽，只有視質量為生命的實驗室才能立于不敗之地。
2.專業高效的物流系統
第三方實驗室需要從城市的各個角落收集標本，因此一支專業高效的物流隊伍必不可少。之所以需要專業是因為這支物流隊伍運送的都是臨床標本，而不是普通貨物，物流隊伍應該經過培訓考核，熟悉各種標本的保存運送方法。
3.強大方便的實驗室信息系統
信息系統直接連接醫生工作站，可以方便醫生遠程查看檢驗結果，縮短標本周轉時間。
4.分級實驗室制度
根據不同地區人口及經濟水平的不同，建立不同規模的實驗室，大的城市可以建立一個規模較大的中心實驗室及數個快速實驗室，快速實驗室負責需要盡快出結果的加急常規項目，中心實驗室負責高端檢測項目。小的城市則建立一個中心實驗室及數個病人服務中心（靠近醫院或社區）。
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