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食品廠車間在使用一段時間后，其內部的設備和儀器上可能會殘留一些細菌或污染物，因此定期對食品廠車間進行消毒是非常重要的。食品廠車間本身就是一個比較特殊的場所，它在清洗消毒時所適用的清潔劑或消毒劑不得對設備、物料、成品產生污染。另外，食品廠車間，還要定期更換消毒劑種類，防止細菌產生耐藥性。
1、甲醛薰蒸作用機制：阻抑菌細胞核蛋白質合成。甲醛是一種常用的殺細菌和殺真菌劑。福爾馬林溶液就是37—40%的甲醛水溶液。常用于保存動物標本，也可以作氣體熏蒸和液體消毒。甲醛有揮發性，對眼睛、皮膚有刺激性，引起皮膚硬化或皺褶，不宜做皮膚消毒用。
2、0.1%新潔爾滅溶液作用機制：使蛋白質變性，破壞細胞膜。
3、75%酒精溶液常用于皮膚消毒。能迅速殺死細菌繁殖體，對一般病毒有一定的消毒作用。
4、5%來蘇水甲酚皂溶液作用機制：損傷細胞膜 。
二、食品廠車間的滅菌方法
1、熱力滅菌：分為干熱滅菌與濕熱滅菌，主要是利用高溫的致死作用，使微生物的蛋白質和核酸等重要生物高分子發生變性、破壞，而導致細胞死亡。
2、氣體滅菌：常用的化學消毒劑有環氧乙烷、氣態過氧化氫、甲醛、臭氧（O3）等，本法適用于在氣體中穩定的物品滅菌。
3、輻射滅菌: 電離輻射和電磁波輻射（包括紫外線[波長190～350nm]、紅外線[波長0.77～1000μm]、微波[波長1～1000mm]）。
4、過濾滅菌:以物理的方法除去介質中的微生物。常將空氣或液體中的微生物及雜質用不同材料制成的薄膜濾器過濾得到無菌、無雜質的空氣或液體。濾過病毒的濾膜孔徑為25 ～100nm；濾過細菌的濾膜孔徑為0.22～0.45μm。
5、紫外線滅菌：紫外線輻射的穿透力很弱，因此主要用于無菌室、某些工作區的空氣滅菌、物體表面滅菌。實踐工作中在食品廠凈化車間安裝紫外燈，一般僅起殺死空氣中部分微生物的作用，而不能起到完全滅菌的作用。
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